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在經歷瞭兩輪科技體制改革而科技與經濟兩張皮仍待改善的情況下，建立以企業為主體的技術創新體系，成為2006年以來逐步推進的第三輪科技體制改革的主導方向。可以預料，十八大後科技體制改革將進入推進力度更大的階段。
而2020年中國的自主創新要更上臺階，尚需跨越三重門。
改進封閉運行
橫亙在這一目標前的第一道坎是，如何打破現有的自上而下封閉運行的科研體制。
中國現行科研體制，是一種脫胎於計劃經濟的自上而下、由政府官員、大學科研院所專傢及為數不多的大型國有企業共同組成的封閉的體系。從確定研究課題到課題發包，從科研成果評定到科技人才評價，完全在這一封閉的系統內運行。
計劃經濟時代，經濟目標由政府確定，這套體系尚能提出與之相應的科研計劃以服務於經濟發展。而步入市場經濟之後，這套政府驅動的封閉科研體系完全無法摸準市場的脈。
此前的科技改革，雖然也曾鼓勵、逼迫這些封閉的體制內科研機構進行產學研轉化、辦公司，但既未從根本上使這一體系成為包容企業在內的開放體系，亦未改變其自上而下的決策機制，更難說增加瞭整體經濟的技術含金量。
真正的經濟主體企業，在改革開放後，大部分並不具備研發能力。經歷過計劃經濟的國有企業原本就隻是工廠，並不具備多少研發能力；外資工業企業也大都是制造工廠，接單按設計組裝即可，處於並不需要多少技術能力的產業低端環節；民營企業，往往是從簡單加工制造起步，前沿技術開發隻是奢談。
當有科研能力的機構、人員無法真正為市場、為經濟提供技術支撐，而市場主體又無力進行科研開發的時候，經濟與科技兩張皮也就在所難免。
建立開發型科研體制
那麼，在不打破這套封閉的科研體系的情況下，建設以企業為主體的技術創新體系是否可行呢？
答案顯然是否定的。2005年底出臺的《國傢中長期科學和技術發展規劃綱要（2006-2020年）》提出建立企業為主體的技術創新體系以來，雖然頗有進展，但缺陷之處也很明顯。
根據官方數據，目前，中國已依托企業建立瞭90多個國傢實驗室；在國傢科技重大專項中，企業承擔的項目和資金遠遠超過科研院所承擔的項目；科技支撐計劃90%的課題也是由企業牽頭。
但實際上，在封閉運行而又條塊分割的科技行政管理體制下，以企業為主體的技術創新體系建設存在諸多形式主義傾向，表現在：一是以企業為主體更多地是強調瞭企業的投入。但自上而下的科技體制下，很多科技計劃、項目都是政府確定，而不是以企業自身的技術創新需求為主導。因此，企業在政府的引導下加大投入，是企業幫助政府分擔瞭科技創新的風險，而不是政府分擔企業的風險。
二是企業被參加。一些國傢重點科技計劃申請過程中，從申報資格上要求申報單位中要有企業參加，但這些項目本身一般是國有科研院所為主導，企業參加，很多時候是為瞭申請項目的需要、為瞭獲得政府的科技經費，而不是真正意義上的源於企業的生產或市場上的技術創新需求。
三是在政策支持的具體對象上，以企業為主體中的企業，更多是國有企業、大企業，而忽視瞭民營企業、中小企業。而從科技創新的歷史來看，民營企業、中小企業往往是科技創新的重要主體。
因此，要建立以企業為主體的技術創新體系，就需要打破這套自上而下運行的封閉科研體系，建立容納企業的開放、互動型科技體制。
破除權力經濟
企業為主體的技術創新體系需要邁過的第二道坎是，中國必須破除權力經濟。
企業是否願意創新，取決於創新是否能夠給企業帶來利益，企業創新的動力在於競爭壓力和市場需求。當前的中國，一方面，部分重要資源價格不能反映資源的稀缺性和外部性，導致低水平重復建設和片面追求速度；另一方面，許多政策還是投資激勵，各級政府掌控稅收、土地等資源，采取零地價和減免稅等政策吸引投資，使得企業傾向於從優惠政策中獲利。當房地產、金融、能源等低風險行業能獲取高額利潤時，很難想象企業會費力去做創新、甚至是做實業。
而房地產、金融、能源這些行業，本質上都是基於壟斷的權力經濟。在權力經濟之下，要素資源紛紛流向這些行業，致使企業缺乏創新動力。
如果不改變權力經濟，即便政府加大科研投入力度，最終也隻不過開辟另一個尋租領域，而推動創新的政策初衷隻會竹籃打水一場空。
企業為主體的技術創新體系的最後一重門，是技術創新本身面臨的形勢已不同往昔。
上世紀90年代初後，技術體制發生革命性變化，產品生產由集成向模塊化轉變。在產品的集成化時代，如果不掌握技術，便無法完成組裝；並且可以通過逆向拆解完成技術的消化吸收；但在模塊化的信息時代，通過逆向拆解消化吸收再創新已不再可能或者因為無法拆解，或者因為生產的模塊化，而無需技術就可組裝這也是山寨得以在中國大行其道的原因。但這種模塊化組裝，依靠的是低成本，而難以得到技術上的提升。
對於中國而言，如果邁不過去這三重門，不僅創新型國傢目標難達預期，且極有可能陷入經濟發展長期低水平徘徊的中等收入陷阱；而要邁過這三重門，顯然已經超出科技體制改革的范疇，而是一場更艱巨的戰役。
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